GBIF-Deutschland präsentiert das neue Virtuelle Herbarium Deutschland. Das Virtuelle Herbarium ist eine gemeinschaftliche Präsentation bedeutender Herbarien Deutschlands und basiert auf modernster GBIF-Technologie. Virtuell bedeutet, dass Menschen aus Forschung, Bildung, Umweltwissenschaften sowie interessierte Bürgerinnen und Bürger digitalisierte Pflanzenbelege bequem am Rechner untersuchen können ohne die weiten Wege in die einzelnen Herbarien auf sich nehmen zu müssen.
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Aktuelles
Arbeitstreffen von HerbarkuratorInnen zum Thema Sammlungserfassung, -digitalisierung und -vernetzung
TeilnehmerInnen des Arbeitstreffens am BGBM Berlin-Dahlem.
Am Botanischen Garten und Botanischen Museum Berlin-Dahlem (BGBM) fand im November 2013 ein Workshop für HerbarkuratorInnen statt, der mit über 30 Teilnehmern aus 24 deutschen Herbarien sowie aus Wien sehr gut besucht war. Das Arbeitstreffen wurde gemeinsam vom Teilprojekt Pflanzen, Algen & Protisten von GBIF-D (Global Biodiversity Information Facility) und der AG Kuratoren der GfBS (Gesellschaft für Biologische Systematik) ausgerichtet sowie von der GfBS unterstützt.
Nach der Begrüßung und Einführung wurde am ersten Tag das im Rahmen von GBIF-D aufgebaute Virtuelle Herbarium Deutschland vorgestellt, in dem zukünftig Beleginformationen aus deutschen Herbarien gemeinsam präsentiert, suchbar und für die Forschung nutzbar gemacht werden. Außerdem standen aktuelle Entwicklungen im Bereich botanischer Sammlungen auf dem Programm. Das Themenspektrum reichte dabei von Sammlungsverwaltungssystemen über Digitalisierungsprojekte bis zur Einbindung von Bürgerwissenschaftlern („Citizen Scientists“). In einem Praxisteil konnten verschiedene sammlungsrelevante Programme und Portale live getestet werden.
Präsentationen im Blütensaal des Botanischen Museums.
Neben dem Austausch bisheriger Erfahrungen wurden am zweiten Tag neue Projektideen zur gemeinschaftlichen Digitalisierung deutscher Herbarsammlungen entwickelt. In den regen Diskussionen zeigte sich großes Interesse aller Teilnehmer an zukünftigen Gemeinschaftsprojekten, wie sie bereits in mehreren europäischen Ländern initiiert wurden.
Fachdiskussion zur Herbar-Digitalisierung.
Weitergehende Informationen auf der Seite zum Arbeitstreffen deutscher HerbarkuratorInnen.
Digitalisierung botanischer Belege am BGBM
Als Ergänzung zu den Scan-Kameras für Typus-Belege (600-dpi-Scan im Rahmen des durch die Mellon Foundation finanzierten Digitalisierungsprojekts) wurde ein Schnellscanner angeschafft (ProServ, ScannTECH 302i), der für Scans von Nicht-Typus-Belegen mit 300 dpi Auflösung deutlich weniger Zeit benötigt (Abb. 1). Die Digitalisierungsanlage ging im Jahr 2011 in den Produktionsbetrieb, bis April 2014 wurden über 26.100 GBIF-relevante Scans durchgeführt.
Abb. 1. Scanner für die effiziente Digitalisierung von Herbarbelegen am BGBM Berlin-Dahlem.
Hardware- und Softwarelizenzerweiterungen erlauben es, die am BGBM etablierte Image Server-Technologie (FSI Server und FSI Viewer von Neptune Labs) als Service auch anderen Institutionen zur Verfügung zu stellen. Anpassungen im Viewer-Bereich ermöglichen eine einheitlichere Anzeige von GBIF-D Bilddaten. Der Image Server dient also der Visualisierung, die eigentliche Bildverwaltung liegt weiterhin bei den Datenhaltern. BGBM-Bilddaten laufen bereits über den neuen Image Server, auch Testdaten anderer Institutionen laufen hier. Weitere Ausgabe-Möglichkeiten wie die von Audio- und Video-Files befinden sich in der Testphase.
Abb. 2. Alsophila crassicaula R.M.Tryon, FSI Viewer. Links: kompletter Herbarbarbeleg des Typusexemplars. Rechts: Ausschnitt aus demselben Farnwedel, der einer Lupenvergrößerung entspricht und die 500-700 µm großen Sori zeigt. Die Achse wurde mit der Messfunktion gemessen: Sie hat einen Durchmesser von nur einem Millimeter. Das Beispiel zeigt Beleg B 20 0131826. Die Belegdaten werden über Webausgabe der Herbardatenbank des BGBM angezeigt, an GBIF geliefert sowie in BioCASe-Portalen ausgegeben, dort mit zusätzlicher Detailinformation.
Digitalisierung von Mikroalgen am BGBM
Digitale Fotos von mikroskopischen Organismen sind wesentlicher Bestandteil der Dokumentation von Typusbelegen, Belegpräparaten in öffentlichen Sammlungen sowie von Observationen. Im GBIF-D Knoten Pflanzen, Algen & Protisten werden seit Jahren digitale Fotos veröffentlicht. Bisher wurden die Bilder für eine schnelle Anzeige in Datenbanken als kleine und komprimierte Dateien hinterlegt.
Als Anschauungsbeispiel dient die Neudigitalisierung des Typusbeleg es von Surirella engleri, der im Diatomeenschwerpunktes des BGBM bearbeitet und publiziert wurde (Cocquyt & Jahn 2007). Abb. 1 zeigt eine kleine Datei für die schnelle Webanzeige in der GBIF-D Datenbank AlgaTerra bzw. in Portalen des GBIF-Netzwerkes.
Abb. 1. Surirella engleri, Schalenansicht: die Schalenendenden werden aufgrund der geringen Schärfentiefe unscharf wiedergegeben. CC BY-SA 3.0 R. Jahn (BGBM).
Als wesentliche Neuerung kommt ein motorisierte Zeiss-Mikroskop Axio Imager M2 im Workflow vom Präparat zum GBIF-verfügbaren Digitalisat zum Einsatz. Die erweiterte Schärfentiefe ist für viele Objekte nützlicher (Abb. 2) als herkömmliche Einzelfotos in Serie, in denen oft systematisch relevante Merkmale außerhalb der Schärfeebene liegen. Das detailreiche Bild in der Originalgröße von 4,7 MB auf dem Image-Server hinterlegt.
Abb. 2. Surirella engleri, Schalenansicht: Durch die Z-Stapel-Verarbeitung wird die Schale komplett scharf wiedergegeben. Auch alle umgebenden kleinen Schalen werden scharf dargestellt. CC BY-SA 3.0 R. Jahn (BGBM).
Videoaufnahmen mit mehreren hochauflösenden Schärfeschnitten (in unserem Beispiel durch die Kieselalgenschale von Surirella engleri) ermöglichen im Gegensatz zu Mikrofotos aus Printmedien eine erheblich verbesserte räumliche Vorstellung und zuverlässigere Identifikationen.
[jwplayer|config= Algaterra |file= http://www.gbif.de/files/Surirellaengleri0002movie.mp4|image= http://www.gbif.de/files/Surirella_engleri-0002_low.jpg]
Abb. 3. Surirella engleri, Schalenansicht: Aufnahme von mehreren Einzelfotos, die nacheinander wiedergegeben werden und das virtuelle Durchfokussieren des Objektes ermöglichen.
Literatur
Cocquyt, C. & Jahn, R. (2007) - Surirella engleri O. Müller - A study of its original infraspecific types, variability and distribution - Diatom Res. 22: 1-16.
Interpretierte Biodiversitätsdaten und Primärdaten zur Biodiversität in GBIF-D
Die BfN-Publikation zur Potentiellen Natürlichen Vegetation (PNV) Deutschlands ist jetzt als Kartenwerk im Buchhandel erschienen.
Bezug über den BfN-Schriftenvertrieb im Landwirtschaftsverlag, Münster (ISBN: 978-7843-3860-6).
Die Karte repräsentiert interpretiertes und extrem aggregiertes Fachwissen und ist damit ein Beispiel für interpretierte Biodiversitätsdaten, die für Planung und Prognosen nützlich und unentbehrlich geworden sind. Sie basiert auf einer Vielzahl von Vegetationsaufnahmen der naturnahen Waldvegetation und ihrer zahlreichen nutzungsbedingten Ersatzgesellschaften, deren Kartierung in den letzten Jahren gemeinsam von BfN und den Ländern gefördert wurde.
Naturschutzgebiet Schwarzes Moor, Hochmoor in der Hohen Rhön, Buchenmischwald auf Sandstein-Verwitterungsböden im Spessart. Fotos: CC BY-SA 3.0 W.-H. Kusber
Bereits seit 1960 wird, nach der Methode von Reinhold Tüxen die Potentielle Natürliche Vegetation Deutschlands kartiert.
Hauptinteresse ist, das natürliche Potential von Standorten zu ermitteln, wobei unabhängig von der anthropogenen Nutzung alle vegetationskundlichen, edaphischen und klimatischen Faktoren berücksichtigt werden. Grundlage der potentiellen Vegetation sind Aufnahmen der realen Pflanzengesellschaften, die wiederum die Vergesellschaftung und die Mengenverhältnisse der Pflanzenarten dokumentieren.
In der Pflanzensoziologie ist die kleinste Einheit zur Beschreibung einer Pflanzengesellschaft die Vegetationsaufnahme, bei der die Vergesellschaftung der Arten zu einem bestimmten Zeitpunkt an einem bestimmten Standort durch einen Beobachter erfasst wird. Die in einer solchen Vegetationsaufnahme enthaltene Information zum Vorkommen einzelner Arten kann im Sinne einer Verbreitungsinformation ausgewertet werden. Die einzelnen Beobachtungsdaten zur Biodiversität über das Internet verfügbar zu machen, ist eines der wichtigsten Ziele des aktuellen BMBF-geförderten Projektes „GBIF-D: Kompetenzzentren innovativer Datenmobilisierung“ (01 LI 1001 A-F).
Triglochin maritima auf einer Salzwiese an der Ostsee; Drosera rotundifolia im NSG Schwarzes Moor; Quercus robur am Rande offengehaltener Heideflächen in Niedersachsen, NSG Lüneburger Heide.
Fotos: CC BY-SA 3.0 S. v. Mering (1), W.-H. Kusber (2, 3)
Große Teilerfolge bei der Verfügbarmachung des Wissens über die Pflanzendiversität Deutschlands waren die Einbindung der Verbreitungsdaten aus der deutschen Florenkartierung auf der Basis von Messtischblättern (TK25) als Darstellungsraster mit zurzeit 3,9 Millionen Raster-Nachweisen (Stand Oktober 2011) und die Einbindung von rund 1,0 Millionen Datensätzen (Stand Oktober 2011) aus Vegetationsaufnahmen der Datenbank VegetWeb. Beide Datenbestände wurden durch das Netzwerk Phytodiversität Deutschland (NetPhyD) im Rahmen von Förderprojekten mit Mitteln des BMU aufgebaut und sind unter dem Internetportal www.floraweb.de des BfN verfügbar.
Aus den neueren floristischen Kartierungen Deutschlands ist 2013 mit einer Verfeinerung der Funddaten auf Quadrantenbasis zu rechnen. Neben diesen flächendeckenden aber unscharfen Daten hat GBIF-D größtes Interesse an der Publikation von punktgenauen Funddaten im GBIF-Netzwerk, aus Kartierungsprojekten und ehrenamtlichem Engagement.
Ein weiterer Datenschatz liegt verstreut in Vegetationsdatenbanken.
Die Metadatensammlung Global Index of Vegetation-Plot Databases (GIVD) katalogisiert die in verteilten Datenbanken erfassten Vegetationsaufnahmen. Die in Deutschland bereits erfassten Bestände können mehrere Millionen Verbreitungsnachweise liefern. Dies zeigt unter anderem, welche umfangreichen Mengen an Primärdaten zur Phytodiversität in der Vegetationskunde bereits digital vorliegen, aber nicht oder nur begrenzt zugänglich sind.
GBIF-D bietet inhaltliche und technische Unterstützung für alle Kolleginnen und Kollegen, die ihre Funddaten im GBIF-Netzwerk publizieren wollen.
Kontakt GBIF-D Botanik, s.vonmering [at] bgbm.org
[W.-H. Kusber & S. v. Mering, 12.10.2011]
Weitere Beiträge
DNA-Barcoding braucht eine transparente Dokumentation
Link zum Bericht vom 08.11.2011
Further Contributions
DNA Barcoding of algae needs data transparency
Frühere Beiträge
GEO-Tag der Artenvielfalt bringt Wissenschaftler, Amateure und Biodiversitätsinformatik zusammen
Link zum Bericht vom 11.06.2011
Keine Aktualisierung der Seite nach dem 16.05.2014
![http://www.gbif.de/files/Surirella_engleri-0002_low.jpg]](http://www.gbif.de/files/Surirella_engleri-0002_low.jpg]){kind=link}